原发性肝癌的病因迄今为止尚不清楚，但它是常见的消化系统恶性肿瘤之一，居恶性肿瘤的第五位，严重威胁人民群众的生命及健康。全世界每年新发肝癌患者约十多万，男性发病率高于女性。我国新发肝癌人数占全球人数一半以上。我国发病率高的原因在于我国乙肝患病人数多。原发性肝癌的原因可能与下列因素有关系。
(一)黄曲霉毒素
肿瘤治疗专家表示，在肝癌高发区尤以南方以玉米为主粮地方调查提示肝癌流行可能与黄曲霉毒素对粮食的污染有关人群尿液黄曲霉毒素B1代谢产物黄曲霉毒素M1含量很高。黄曲霉毒素B1是动物肝癌最强的致癌剂，但与原发性肝癌的关系迄今尚无直接证据。
(二)饮水污染
江苏启东饮用沟溏水者肝癌发病率为60～101/10万饮用井水者仅0～19/10万。饮用沟水者相对危险度为3.00。调查发现沟溏水中有一种兰绿藻产生藻类毒素可能是饮水污染与肝癌发生的有关线索。
(三)遗传因素
在高发区肝癌有时出现家族聚集现象尤以共同生活并有血缘关系者的肝癌罹患率高。可能与肝炎病毒垂直传播有关，但尚待证实。
(四)引起原发性肝癌的其他致癌物质或致癌因素被疑及的尚有：
①酒精中毒；②亚硝胺；③农药如有机氯类等；④微量元素肝癌流行区水、土壤、粮食人头发及血液中含铜、锌较高，钼较低；⑤中华分枝睾吸虫刺激胆管上皮增生而产生胆管细胸癌。⑥微量元素、性激素放射性物质、寄生虫、酗酒吸烟、遗传因素等。
原发性肝癌病情发展迅速病死率高，严重的危害生命健康。由于目前尚难以一种因素满意解释我国和世界各地肝癌的发病原因和分布情况。故肝癌的发生可能由多种因素经多种途径引起；各因素之间相互关系如何尚有待研究。
