甲肝病毒是一种微小的核糖核酸病毒，为肠道病毒７２型，呈球形，病毒颗粒无囊膜，系对称的２０面体，直径约２７－３２纳米，含单股正链核糖核酸基因组，长度为９４８７个核苷酸，仅有１个血清型。甲肝病毒含有３个主要的结构性多肽，分子量从３２７３６－２１８２４原子质量单位，后来证实尚有第四个多肽，约２４８００原子质量单位。这些多肽形成紧密的蛋白质衣壳，并含有甲肝病毒的核糖核酸，此核糖核酸具有传染性。甲肝病毒在电镜下可见空心和实必两种颗粒，在免疫学上二者无区别。氯化铯中主峰密度１．３３克／毫升，沉降系数为１５６－１６０Ｓ。
由于甲肝病毒的体外培养不产生细胞病变而且人体感染甲肝病毒，肝细胞的病理损害与病毒抗体几乎同时出现，并伴有排毒量减少，因此认为肝脏损害主要由于免疫病理作用，而不是甲肝病毒直接的细胞病理作用。
甲肝病毒可感染狨猴和猩猩，恒河猴和红面猴也可受染。福尔马林、氯、紫外线及加热煮沸，均可使其灭活。
