肝硬化代偿期患者6年生存率为54％，失代偿则下降至21％，死亡主要原因为肝功能衰竭（49％）、肝细胞癌（22％）及消化道出血（13％）。代偿期患者有58％于10年后发展成失代偿。代偿期与死亡有关的因素包括男性，HbsAg阳性、年龄、凝血酶原时间、食管静脉曲张，失代偿期则为肝细胞癌、肝性脑病、出血及AST。乙肝病毒性肝硬化患者1、3、5年生存概率分别为95％、79％、71％，乙肝性肝硬化失代偿期患者，HBeAg阴性者5年存活率为97％，而阳性为72％。约半数HBeAg和（或）HBV-DNA阳性者HBV复制终止，发生HBeAg/抗HBe血清学转换，转换后生存率提高，预后与以往病毒复制，生化指标无关。所以对有乙肝病毒复制的肝硬化应积极进行α-干扰素抗病毒治疗。乙肝合并丁肝感染者对预后影响不大。酒精性肝硬化患者戒酒可使预后改善，继续饮酒则肝功能进一步恶性，生存期明显缩短，死亡危险性较戒酒者高3.5倍。
肝硬化由于营养代谢失衡，处于负氮平衡状态，常存在营养不良，后者为肝功能Child分级中的指标之一，研究证明，营养不良对预后无明显影响。15％-30％肝硬化患者伴有糖尿病，病死率较无糖尿病者为高，与预后直接相关的因素不是糖尿糖引起的并发症本身，而是肝功能衰竭。
组织学上呈不完全分隔性肝硬化与大结节性肝硬化相比，静脉曲张出血更为常见，10年生存率分别为54％及57％。易于出血可能与不完全分隔引起门脉管腔缩小，较大门脉的硬化等有关。肝硬化早期，因肝细胞肿胀、脂肪变性等。肝脏常轻、中度肿大，随着疾病进展，肝细胞数逐渐下降，结缔组织收缩，肝脏体积缩小。因此，肝硬化肝肿大者较缩小者预后佳，因前者有较多尚存的功能性肝细胞。
Ⅰ型自身免疫性肝炎，以血清中存在平滑肌抗体和（或）抗核抗体为特征，可发展为肝硬化，5、10年生存率分别为96％，93％，与正常同龄、同性别人群相似，即使已经发生肝硬化，对激素的治疗同样反应良好，预后无明显差异。
因肝功能衰竭而进入ICU治疗的肝硬化患者病死率为64％，Child C级患者同时接受机械通气、血清肌酐>114.9μmol/L者，72h生存率仅为2％，肝硬化并发感染性休克的患者，病死率达100％。
