经皮肝穿刺的绝对禁忌症为：患者不合作、原因不明的出血病史、无法提供输血、怀疑血管瘤或其他的血管肿瘤、通过叩诊或超声不能确定活检的合适部位、怀疑肝内有棘球绦虫囊肿、出血倾向(凝血酶原时间≥正常对照3-5秒、血小板计数<50000/mm3、出血时间≥10min、术前7-10天用了非甾体类消炎药。多数肝病学家认为出血倾向是绝对禁忌，也有认为可通过输血小板或新鲜冷冻血浆加以矫正，因而应属非绝对禁忌。只要凝血障碍被充分纠正，肝活检仍可安全施行。
相对禁忌症有：病态肥胖、腹水、血友病、右胸膜腔或右侧膈下感染、局部皮肤感染。
肝穿刺并发症
虽然肝脏有丰富的血供，有关经皮肝穿的并发症并不多见。60%的并发症发生在活检后2小时，96%在24小时内。术后约1%-3%的患者因并发症而住院(尤其是用Tru-cut穿刺针者)，主要是因为疼痛和低血压。经皮肝穿刺后轻微并发症包括：活检部位局部短暂的不适，需要止痛药才能缓解的疼痛，轻微短暂的低血压(由于血管迷走反应)。约1/4病人术后出现右上腹或右肩疼痛 ，疼痛通常为轻微而短暂的钝痛。腹部严重疼痛应警惕出血或腹膜炎的可能。腹腔内出血，虽少见，却是经皮肝穿的最严重的并发症，通常在术后2-3小时内逐渐明显，可因深抽吸引起的撕裂伤或肝动脉或门静脉的穿透伤所致。出血的危险因素有：高龄、反复进针三次以上、肝硬化或肝癌。若超声或CT发现腹腔内有液体，应结合临床考虑。如果怀疑出血，应立即输全血、血小板和血浆，同时准备血管造影和外科处理，可静脉输液、血制品以改善血液动力学。经积极的复苏处理后，血液动力学仍不稳定并持续数小时，应行血管造影以决定栓塞治疗或外科手术。小的肝内血肿或被膜下血肿，病人可无症状，较大血肿可引起疼痛伴发心动过速、低血压和迟发的红细胞比容下降。血肿一般行保守治疗即可。胆道出血是最少见的并发症，表现为典型的三联征：胃肠道出血、胆痛和黄疸(发生在活检后大约5天内)。有报道5.8%-13.5%的病人活检后出现暂时性菌血症，菌血症在有胆道梗阻和胆管炎的患者偶尔会发展成败血症和休克。
其他少见并发症包括：胆汁性腹水、胆汁性胸膜炎、胆汁性腹膜炎、气胸、血胸、皮下气肿、气腹、阴囊气肿、膈下脓肿、类癌危象、活检棘球绦虫囊肿后的过敏反应、源于胆道出血的胰腺炎以及穿刺针断裂等。经皮肝活检死亡率约1/10000-1/12000。恶性肿瘤患者活检后死亡率最高。肝硬化是导致致命性出血的又一危险因素。
