药物性脂肪肝的治疗，最重要的是立即停止可疑药物的使用，一般最可能引起肝损害的药物是距肝损害出现前最近使用的一种药物。如果有可能，则应停用最可能引起肝损害的药物。目前药物性脂肪肝的治疗仍然为对症治疗。饮食中应含高蛋白、高维生素、低脂肪，如患者肥胖则应控制总热量，逐渐使体重接近正常。适当活动，以不感到疲劳为宜，参考肝功能情况，保持体重正常，活动量逐渐增加。如伴有肝功能损害，积极应用解毒、保肝、祛脂类药物，如必需磷脂（易善复）、还原性谷胱甘肽、水飞蓟素或水飞蓟宾。食欲差者应静脉滴注葡萄糖、能量合剂、复方氨基酸或血浆蛋白等。有报道，对药物性脂肪肝可给予补充肉毒碱、前列腺素E2、抗内毒素制剂，抗炎性细胞因子的单克隆抗体和α–干扰素等。
对于环境和工业毒物引起的肝脂肪变性的治疗，必须立即脱离接触的毒物，使用有关的解毒剂治疗，促进毒物的排泄，保护肝脏，以及支持对症治疗。对于重症病例，应给予积极的处理。对急性中毒性肝病，可补充维生素制剂，静脉注射高渗葡萄糖。黄疸较深的病例可静脉滴注极化液（葡萄糖，胰岛素和氯化钾溶液）。对于影响巯基的毒物，可试用静脉滴注谷胱甘肽或肌内注射半胱氨酸。如果急性肝脂肪变性伴有广泛的肝脏坏死，可迅速发展为肝功能衰竭，必须积极预防其他器官并发症，必要时可考虑人工肝治疗甚至急症肝移植。
