肝活检是确诊脂肪肝的重要方法，尤其对局限性脂肪肝。在B超引导下抽吸肝组织活检远较过去盲目肝穿刺法准确、安全。活检的意义在于确定肝内是否存在脂肪浸润，有无纤维化以及排除非创伤性检查中难以鉴别的占位性病变，对于治疗方案的选择亦有指导价值。脂肪肝活体组织检查的适应证：
(1)局灶性脂肪肝或弥漫性脂肪肝伴正常肝岛难以与恶性肿瘤区别，需要在B超引导下进行肝活检。
(2)探明某些少见的脂肪性肝疾患的病因，如胆固醇酯贮积病、糖原累积病、Wilson病等。
(3)无症状性可疑的非酒精性脂肪性肝炎，肝活检是惟一的确诊手段。
(4)戒酒和酒精性肝病或酒精性肝病有不能解释的临床或生化异常表现者，以及酒精性肝炎考虑皮质类固醇治疗前需肝活检排除活动性感染。
(5)肥胖性脂肪肝患者减少原有体重的10%后，肝功能酶学仍持续异常者，需肝活检寻找其他原因。
(6)怀疑重症肝炎系脂肪肝所致，需肝活检明确诊断并了解其病因者。
(7)评估某些血清学指标以及B超、CT等影像学检查诊断脂肪肝、纤维化的可靠性，需以肝活组织学改变作为金标准，并用以客观评价某一治疗方案对脂肪肝纤维化治疗的确切效果。
(8)任何怀疑不是单纯性肝细胞脂肪变或怀疑多种病因引起的脂肪肝或肝功能损害者，需通过肝活检明确其具体病因或以何种病因为主。
