脂肪肝直接影响肝的消化功能，导致消化不良，食欲减退，厌食，进食后常感到腹胀、恶心，脂类代谢障碍等。长期食欲不振，会使人精神不振，神经衰弱，皮肤干枯，面色暗淡，严重影响工作和学习。
脂肪肝长期得不到治疗会引起肝细胞缺血坏死，从而诱发肝纤维化和肝硬化等多种恶性肝病。临床统计数字显示，脂肪肝患者并发肝硬化、肝癌的概率是正常人的150倍。同时，由于脂肪肝患者机体免疫力相对较低，感染甲、乙型肝炎的机会也明显高于正常人。客观地说，目前临床还没有根本治愈肝炎、肝硬化和肝癌的办法。
现代医学成果表明：脂肪肝与动脉粥样硬化及心脑血管疾病关系极为密切，在中青年人群中尤其明显。脂肪肝患者常伴有高血脂、高胆固醇等状态，血液黏稠度增大，血管腔变小，血管失去原有的弹性，血流缓慢易形成血栓，最终导致血管壁增厚变硬，形成动脉粥样硬化。心脏因此得不到充足的血液供应，从而引发心脏缺血、心肌痉挛、心绞痛或心肌梗塞。如果脑部血管供血不足或破裂则引起脑梗塞、脑中风。
因为眼与肝脏有内在联系。中医认为，肝开窍于目，眼之所以能视物，有赖于肝气之疏泄和肝血的乳养。肝功能是否正常，常常在眼睛上有所反应。脂肪肝患者在视觉上常表现出下面现象：眼前一过性黑蒙，看不见周围的物体，片刻后恢复;读书时眼睛容易疲劳;看不清远处的物体;眼睛干涩;视力降低等。这些症状出现时，应该去检查一下肝是否有问题。
脂肪肝引起肝损伤后，体内激素的灭活机制出现障碍，体内的雌激素水平相对升高，出现明显的女性性征。突出表现为乳房异常发育、乳腺增生、乳头黑色素沉着、睾丸变小、变软、、、性欲减退等。
