乙肝病毒复制效果图
这种cccDNA是乙肝病毒复制中重要的中间产物，一旦它在肝细胞核内形成，就具有了高度的稳定性，可长期存在于肝细胞内，不但起着刚才所说的" 模板" 作用，而且还像深深扎根在泥土里的野草一样很难完全清除。不论用什么抗病毒药物，不论细胞内的DNA 受到多大的抑制，也不论用药的时间有多久，都很难清除这种cccDNA. 只要肝细胞内有很少量的cccDNA，当停药后，核内的cccDNA又可以再次成为病毒复制的“模型”，继续复制乙肝病毒的DNA，这也是乙肝很难根治的原因。
现实生活中，大部分人熟悉的“乙肝两对半”检测的其实并非乙肝病毒的传染物质和致病物（换句话说，不是活的乙肝病毒），所以检查“乙肝两对半”只能反映一个人是否感染过乙肝，却不能直接深入地揭示乙肝病毒在人体内的复制和致病情况，也就不能更好地指导临床用药和制订治疗方案。为了寻找到一个正确合理的病毒量化指标，专家们经过多年研究，找到了一个有效的办法──乙肝病毒DNA定量试验。这种试验可以反映患者血中活的病毒量，有助于了解乙肝病毒在患者体内的消长。乙肝病毒DNA是含有遗传信息的物质，它是复制子代乙肝病毒的基础。因此，了解了乙肝病毒DNA在患者体内的消长情况，就间接地弄清了乙肝病毒的复制情况。
其实乙肝病毒本身并不致病，它对肝细胞损伤主要是由机体的免疫系统清除反应引起的。乙肝病毒感染机体后，侵入到肝细胞内，致使肝细胞的某些结构发生变化。激发机体对自身的肝细胞产生免疫反应，便会引起会细胞损伤。在严重的肝损害病例中，机体免疫系统甚至将没有被HBV侵犯的肝细胞也一同杀死，这也说明自身免疫反应在乙肝炎的发病机制中有重要意义。免疫功能正常者，机体对感染HBV的肝细胞发生一系列的免疫反应，随着病毒被逐步消除，逐渐痊愈。这正是我国有45%以上的人曾经感染过乙肝病毒，但最终大部分人体内已经没有乙肝病毒残留的原因。
尽管在过去的数百万年里，人类在进化过程中逐渐从病毒那里获取了上百种的基因，但是当一个新的病毒入侵机体的时候，正常工作的强大的免疫系统还是不能容忍病毒DNA对细胞资源的侵占，会毫不犹豫的努力清洗“入侵者”。
在病毒中尚未结束
病毒复制快变异快，和身体细胞关系密切，甚至有可能跟细胞的DNA结合在一起，终生相伴，普通针对病毒的药物很难不伤害到细胞，这些都是治疗病毒时面临的很大的困难。直到现在，国内外还没有根治乙肝的有效方法。
一旦自身免疫系统无法阻击病毒的入侵，那么把握住病毒的规律，抗病毒治疗仍然有章可循，从病毒的特点入手禁止病毒入内，卡住病毒的复制，阻止病毒蛋白质的产生，遏制病毒的逃逸途径，以及避免病毒的抗药性等方面许多科学研究都在展开。
目前国际公认比较好的、临床应用最成功和最广泛的是干扰素治疗和核苷类似物的拉米夫定疗法，但有这两种疗法有严格的适用状况，而且用药时间长、完全治愈的可能性很低，只能有一部分人达到大三阳转小三阳、DNA转阴这样的清除血内病毒的作用，而且有一定副作用。拉米夫定可能导致病毒变异，从而使拉米夫定失效。这两种药停药不慎的话可能有激烈的病情反弹。所以科学家们正在积极的寻求它们的姊妹药物，一些已经进入三期临床试验。2004年10月29日至11月2日在波士顿召开的国际肝脏病学年会以较多的篇幅对病毒性肝炎抗病毒治疗进行了报道，一改过去对肝炎治疗较为沉闷的局面，抗病毒治疗的涉及面广，杂色纷呈。由于目前抗HBV的药物疗效有限，很多学者都认为今后的发展方向为联合治疗，这也是今后研究的重点。
针对治疗性乙肝疫苗的研制，我国复旦大学闻玉梅院士领导的研究组，重庆佳辰公司以及浙江大学三支队伍都做了大量的工作。目前也已经进入临床验证阶段。
除了治疗性工作的开展，预防其实对于整个社会和个人来说或许更应该收到重视，毕竟建立在健康基础上的防患于未然才是目前针对乙肝最行之有效的办法。我国普遍接种的预防性疫苗对乙肝病毒有非常好的预防效果。健康人在接种疫苗后，体内绝大多数会产生出乙肝病毒的保护性抗体，就不会再感染乙型肝炎。乙肝病毒携带者所生的婴儿，只要在出生第一天注射乙肝疫苗，以后再逐步进行巩固性接种，一般可以杜绝乙肝病毒的感染。所以预防性乙肝疫苗已经成为新生婴儿的常规性疫苗。我国最新研制出来的甲乙肝联苗，通过临床验证，不仅可以有效提高免疫应答，具有同时注射单支甲肝疫苗、乙肝疫苗同样的效果，而且有助于减少射次数和漏种率。此前，只有美国成功将甲、乙肝疫苗联合接种使用。它的使用将进一步有利于甲乙肝防治工作的开展。
