其机理目前尚未完全弄清楚，因而也没有很有效的办法加以防止。有的学者认为，既然乙肝病毒是罪魁祸首，那么防止乙型肝炎将有利于减少肝癌的发生。持不同意见的科学家则认为，肝癌发生的因素非常复杂，乙肝病毒只是始动原因。因为许多人感染了乙肝病毒，只有一部分发展成肝硬化，原发性肝癌的人仅仅是少数。预防治疗乙型肝炎固然非常重要，但是采取单一措施未必能解决问题，应该通过综合的措施预防乙型肝炎慢性化，防止癌变的发生。例如患了乙肝应尽可能早治疗；尽可能避免使用损害肝脏的药物；避免有害的物理因子刺激，减少X线和放射性物质对肝脏的照射；应尽可能减少和及早治疗各种感染，避免各种创伤和手术。麻醉、手术创伤都对肝脏功能恢复不利，必要时应尽量选择在肝功能恢复后再做手术。应避免饮酒，特别是嗜酒。发展成原发性肝癌的因素更加复杂，除了病毒的原因之外，食物中的黄曲霉素、饮水中的亚硝胺含量过多，密切接触某些金属，如铂、铜、锌等，都与肝癌的发生有关系。
另外，肝癌的发生亦与机体的免疫有关。
正常情况下人体内的细胞经常发生癌变，可能形成癌细胞，但人体的免疫系统有清除这些细胞的能力，人体不发生癌症。当人体免疫力减弱时，就容易发生癌变。增强体质，增强人体的免疫力，也是防止肝癌发生的重要方面。乙型肝炎病人要有良好的生活习惯，起居有规律，进行适当的身心锻炼，保持乐观的情绪，不吃霉变食物，饮食应清淡，并应富有维生素及蛋白质等，这样可以增强体质，提高机体免疫力，防止肝硬化及肝癌的发生。
